Научно-образовательный центр создан в 2003 году Вологодским научно-координационным центром ЦЭМИ РАН (с 2009 года – ИСЭРТ РАН) совместно с Санкт-Петербургским государственным инженерно-экономическим университетом и Вологодским государственным техническим университетом. Его создание поддержано Правительством Вологодской области, администрацией города Вологды, Отделением общественных наук РАН, Президиумом РАН. НОЦ представляет собой многоступенчатую структуру подготовки кадров по экономическому направлению, которая осуществляется по цепочке «школа – вуз – магистратура - аспирантура». Данная структура предусматривает преемственность в подготовке кадров, координацию образовательных программ различных ступеней обучения, ускорение приобщения участников НОЦ к научным исследованиям.