Первые поэтические публикации Фаниды Исхаковой относятся ко времени ее учебы в университете. В этот период написаны и опубликованы поэмы «Крутится Земля» («Ер әйләнә») и «Седой ковыль» («Аҡ ҡылғандар»), баллада «Конь времени» («Ваҡыт аты»). Первый прозаический дебют, научно-фантастическая повесть «Вернусь на рассвете» появилась в 1991 г. на страницах журнала «Агидель». Первый поэтический сборник «Седой ковыль» («Аҡ ҡылғандар») вышел в 1993 г. Одним из основных жанров творчества Ф. А. Исхаковой является научная фантастика. Ее перу принадлежат роман «Человек-отражение» (1996; «Кеше-күсермә»), сборники рассказов и повестей «Лунный танец снежинок» (2003; «Аҡ тәңкәләр яуған төн ине…») и «Одно мгновение вечности» (2008; «Мәңгелектең бер мәле»), пьеса «Синевласка» (1997; «Зәңгәрсәс»). В 1996 г. опубликован первый рассказ в жанре фэнтези «Охота на волка» («Бүрегә һунар». Некоторые работы писательницы изданы на русском языке в переводе А. П. Майорова и Г. Я. Хамматовой[1] (сборник «Одно мгновение вечности»), а для произведений последнего периода характерным является то, что автор создает их сразу на двух языках - на башкирском и на русском. Фанида Исхакова пишет также и для детей. У нее опубликованы более десятка увлекательных повестей для детей. В 2009 году писательница написала роман-притчу «Аҡ һәм Ҡара» («Белое и Черное»). В последующие два года ею созданы еще два романа-притчи «Юғалтылған ожмах» (2010; «Потерянный рай») и «Яҙмыштарҙан уҙмыш бар, тиҙәр...» (2011; «Судьбы неизведанные грани»), которые в итоге составили трилогию с единой идейно-художественной концепцией. Эта трилогия наиболее ярко отражает философское мировоззрение писательницы, что проходит лейтмотивом во всех ее произведениях для взрослого читателя. Роман «Аҡ һәм Ҡара» («Белое и Черное») был издан в 2015 году отдельной книгой. Остальные два романа увидели свет в журнале «Агидель» с 2017 по 2019 гг. В 2020 г. журнал «Агидель» опубликовал пятый роман писательницы «Асманға ашыу» («Прикосновение к Раю»). В 2020 г. крупнейшее российское издательство «ЭКСМО» выпустило книгу «Прикосновение к Раю» уже на русском языке. В начале 2021 г. это же издательство представило своим читателям следующий роман писательницы – книгу «Невидимый человек». Книги: Седой ковыль. Уфа, 1993.; Хочу быть звездой. В колл. сб. «Волчьи глаза». Уфа, 1993.; Человек-отражение. Уфа, 1996.; Синевласка. В колл. сб. «Синевласка». Уфа, 1997.; Лунный танец снежинок. Уфа, 2003.; Вернусь на рассвете. В колл. сб. «Бельские просторы». Уфа, 2005.; Одно мгновение вечности. Уфа, 2008.; Белое и Черное. Уфа, 1915.; Прикосновение к Раю. Москва, 2020.; Невидимый человек. Москва, 2021.